基于转基因食品潜在安全的不确定性，各国政府都加强对转基因食品进行管理。主要原则是：一、执行严格的安全评价制度；二、标识制度，在转基因食品包装上加贴标识，让消费者购买时知道是转基因食品。目前我国转基因食品法规主要有：
·《农业转基因生物安全管理条例》，2001年5月9日实施。
·《农业转基因生物安全评估管理办法》，2002年3月20日起实施，将转基因生物安全实行分级评价管理，依照危险等级从低到高分为4个等级。·《农业转基因生物进口安全管理办法》，2002年3月20日起实施，规定转基因产品须取得农业部颁发的农业转基因生物安全证书，方能进口。
·《农业转基因生物标识管理办法》，2002年3月20日起实施，规定对转基因产品实施标识制度。凡列入管理目录并用于销售的转基因产品必须进行标识，不按规定标识的，不得进口和销售。
第一批标识管理的转基因生物目录是：大豆种子、大豆、大豆粉、大豆油、豆粕、玉米种子、玉米、玉米油、玉米粉、油菜种子、油菜籽、油菜籽油、油菜籽粕、棉花种子、番茄种子、鲜番茄、番茄酱。
·《转基因食品卫生管理办法》，2002年4月8日颁布，7月1日起实施。规定转基因食品须经卫生部审查批准后方可生产或者进口，否则不得生产或者进口，也不得用做食品或食品原料。该《办法》还要求食用安全性和营养质量不得低于对应的原有食品。
