神舟五号与神舟四号基本相似，由推进舱、轨道舱、返回舱和附加段组成。不同的是神舟五号的头部是圆柱体，而神舟四号的头部是半球体。此外，神舟五号还留有将来与空间实验室对接的接口。

　 飞船的外形看上去并不复杂，不过是由三个舱段即推进舱、轨道舱、返回舱构成，但其内部构造却极其复杂，是由 结构与机构、热控、制导导航与控制、推进、测控与通信、数据管理、电源、回收着陆、环境控制与生命保障、仪表与照明、应急救生、乘员、有效载荷13个分系统组成。

　 位于飞船底部的推进舱，主管飞船的动力；位于飞船中部的核心舱段返回舱，是航天员升空、返回及生活工作的座舱，也是飞船的控制中心及与地面联络的通信中心，其空间的平面大约是2.2米×2.5米；轨道舱的内部则安装了各种仪器，可用于科学实验及对地观测。

　 应急救生装置一应俱全。神舟飞船上安装了自动和手动两套应急救生装置，无论是在宇宙航行中或是在返回时发生意外，船上的救生系统会自动启动，万一自动装置出现故障，船上的手动系统完全可以应付，航天员绝不会坐以待毙。飞船的返回舱内配备有足以保证航天员在陆上生存48小时、海上生存24小时的救生物品。返回舱里还有一套气囊，一旦落水，3吨重的返回舱会漂在水中，等待救援。

　 特种太空椅抗冲击。飞船升空和返回阶段的加速度会让航天员感到自己的身体“重如泰山”，连挥挥手都做不到。为减少航天员的痛苦，飞船配备了特制的太空椅，坐在上面不像坐很像躺，躺姿像胎儿在母亲的子宫里蜷曲的模样，因为这种姿势使人的脊椎可以承受较大的过载，而不致受到伤害。（江菲）