饮用水的消毒可分为物理消毒和化学消毒两类。物理方法有加热法、紫外线法、超声波法等。化学方法有加氯法、臭氧法、重金属离子法或其他氧化剂法等。这些方法除了使用传统的漂白粉、液氯消毒外，还有国际上比较流行的二氧化氯、臭氧、紫外线等。

　 二氧化氯是国际公认的新一代广谱杀菌剂，也是我国推广使用 的消毒剂之一，被认为是液氯和漂白粉的替代品。二氧化氯是现场发生现场使用，即使泄漏也不会对附近的居民及操作人员造成伤害。二氧化氯在水中的活性高于氯，在杀灭活病毒、隐孢子虫和贾第虫方面比氯气更有效。配水管网中使用二氧化氯不但能保证抑制细菌再生长，而且可对藻类进行杀灭，还可以有效控制藻类以及腐烂蔬菜产生的异味。

　 与二氧化氯消毒类似的还有次氯酸钠消毒法。次氯酸钠属于高效的含氯消毒剂。含氯消毒剂在水中形成次氯酸，作用于菌体蛋白质。它与水的亲和性很好，能与水任意比例互溶，它不存在液氯、二氧化氯等药剂的安全隐患，且其消毒效果被公认为和氯气相当，加之其投加准确，操作安全，使用方便，易于储存，对环境无毒害，不存在跑气泄漏，可以在任意环境工作状况下投加。

　 臭氧消毒是利用氧的同素异形体―――臭氧进行消毒的一种方法。臭氧的化学性质很活泼，具有强烈的氧化性，溶于水时可以杀死水中的微生物。臭氧消毒法通过强氧化破坏有机农药的化学键，使其失去药性，同时杀灭表面的各种细菌和病毒，达到解毒目的。在医院用水中有广泛应用。此外，它不生成任何带有特殊气味的物质，在味觉、气味、颜色方面可以很好地起到改善水质的作用。

　 此外，还有紫外线杀毒菌法。生物体内的核酸吸收了紫外线的能量，改变了自身的结构，进而破坏了核酸的功能，当核酸吸收的能量达到致死量而又保持了一定的照射，便会使细菌大量死亡，紫外线杀毒菌便是利用这一原理进行除菌的。这种方法广泛用于以江、河、湖、塘或者井水为水源的小型供水设备。