中国农业大学人文与发展学院教授左停说，城乡二元结构是导致我国农民权益受损的制度根源。因为，在城乡二元结构下，农民创造的部分物质财富，被拿走用于支持工业化和城市发展了。目前，我国大部分农村经济发展缺乏资金支持，城乡差距日益拉大。

    在二元结构下，国家对农村基础设施、农村教育投入不足，忽视农村社保体系的建立，农民在占有公共物品和享有社会福利等社会资源的分配中处于劣势。例如，农民与市民相比，受教育的权利很不平等。70％的人口在农村，可是90％的学校在城里。目前约占总人口30％的城市人口享用了2／3的医疗卫生保障服务，而占总人口70％的农村人口享用的却不到1／3。

    我国长期实行的城乡二元结构，把人口分为城市居民和农民，并将就业、住房、医疗、子女教育等公民权益同户口挂钩，形成了包括公民迁徙、劳动就业、教育、财产和社会保障在内的诸多方面对农民的不平等。

    如何突破城乡二元结构，更好地保护农民权益，中国农大人文与发展学院院长李小云认为，应改变国民收入分配，变以农补工为工业反哺农业，改变资金在产业间的流向，增加对农业和农村的资金支持；改变国家涉农企业和农民间收入分配的比例，通过改变农业收入分配比例，减少农产品流通环节抢占农民的利益，增加农民的收入；提高农民在人大代表中的比例，保证农民代表参与决策的权利，并严格监督农村人大代表的选举；逐步取消城乡二元结构，实现自由迁徙和平等就业，保护农民工的权益。