达尔文的革命
难道在那之前没有人从事生物研究吗？当然不是。人类研究生物现象已有漫长的历史，但是在达尔文之前，生物研究其实只是神学的附庸，是上帝在科学研究领域的最后一个据点。当时从事物理学、化学研究的科学家已不需要假设上帝的存在，但是生命现象要比物理现象复杂得多，上帝还可以赖在那里。从事生物研究的学者，基本上都是神创论者，他们的研究前提是神创造并精心设计了生物。其中许多人本身就是牧师，为了通过研究上帝的“作品”来领悟上帝的旨意。即便有少数学者不相信神创论，也往往相信目的论，认为在冥冥之中有一个神秘的目的在指导着生物的进化。比如进化论的先驱拉马克就相信生物体本身有一种内在驱动力在促使它们越变越复杂，向更高级形态进化，直到进化成人类。
达尔文用大量证据证明生物是进化而来的，推翻了形形色色的神创论，上帝才被彻底地驱除出科学领域。达尔文还用自然选择解释了生物体的复杂结构是怎么起源的，这是一个完全自然的、无意识的进化过程，无需求助于智能的设计或神秘的目的，因而也否定了目的论。有了达尔文进化论，生物研究才摆脱了所有的超自然现象和神秘因素，才有可能像物理科学那样成为一门科学。
在达尔文之前，生物研究属于博物学，只是对生物现象进行观察、描述、分类和做解释性的叙述，不试图去探究生物现象背后有什么规律，也不做实验来验证假说。真正的科学研究则必须根据观察的结果，提出可以验证的假说，然后以新的观察或实验加以证明。达尔文首次把科学方法引进到生物研究中，不仅继承了传统的博物学方法，细心地观察和勤勉地收集事实进行归纳，而且使用了现代的科学方法，善于提出可检验的假说，并用新的观察和设计实验来检验它。限于当时的条件，没有多少进化实验可做，但达尔文还是尽量用实验来验证某些假说。例如，在《物种起源》第十二章，他详细叙述为了验证植物种子能够通过海洋漂流和鸟类被带到与世隔绝的岛屿上，是如何精心实验的。达尔文还做了大量的植物生理学实验（最著名的是通过一系列实验巧妙地证明胚芽鞘的尖端含有导致植物向光性的信号物质），影响很大，被认为是实验植物学的创建者。
达尔文进化论的诞生，统一了生物学的各个学科，为生物研究提供了第一个可用于预测和检验的科学大理论，从此对生物的研究不再只是单纯的数据收集，杂乱无章的生物现象也有规律可循，对生物现象的研究由博物学变成了科学，生物科学由此诞生。大生物学家杜布赞斯基曾说过一句名言：“若无进化之光，生物学毫无道理。”没有进化论，也就无所谓生物学。
生物学中有许多规律、定律，它们或者只是对现象的描述，或者能从物理、化学定律推导出来，都不是真正的规律。通过研究生物体内的各个组成部分的物理、化学作用，可以解释生物体的一切功能。这不免让一些生物学家担心，生物学研究是不是有一天会被完全还原成了物理学、化学研究，生物学不再是一门独立自主的科学？这种担心是多余的。生物学研究并不只是研究生物体的功能，还要研究这些功能是怎么起源的。对后者，就必须用到进化论，特别是自然选择规律。自然选择规律是不可能从物理、化学原理推导出来的，是一个独立的自然定律。既然自然选择规律是不可还原的，生物学就不可能被彻底还原成物理学、化学。达尔文进化论不仅为生物学奠定了基础，而且还确保了生物学的自主地位。
达尔文进化论也给人文领域带来了一场颠覆性的革命。在达尔文之前，人们普遍认为人是万物之灵，并非自然界的一部分，而是超越了自然。例如犹太－基督教神学把人看成上帝根据自己的影像创造出来的特殊作品，在世界万物中只有人才被赋予了灵魂，世界万物都是被创造出来为人服务的。伟大的哲学家，像亚里士多德、笛卡儿和康德等人，不管他们的哲学观点是多么不同，也都坚持人类中心说，认为人与其他动物存在不可逾越的鸿沟。
达尔文进化论则指出，人类是生物进化过程中的偶然产物，是大自然的产物，是大自然的一部分，人类与大自然是同一的。今天的一切生物都是人类的亲属，人类与其他生物特别是与类人猿并无本质的区别，我们认为人类特有的属性——例如智力、道德观等精神因素——都可在其他动物中找到雏形，也必定有其自然的起源。
达尔文进化论让我们更深刻地理解了人类与大自然的关系，更深刻地理解了人性。但是在某些人看来，它沉重地打击了人类的自尊心。进化论的正确性在科学界实际上早已没有争议，作为生物学的基础，如果推翻它就会让生物学大厦坍塌。但是在人文学界，一直有人激烈地批评、否定进化论，正是因为他们认为进化论伤了其自尊心，而不是他们比生物学家更懂生物学，掌握了生物学家不知道的证据。