一些教师对学校现行管理体制感到担忧
一位接受采访的教师说，邓校长被调离很突然，之前没有征兆。邓飞认为，这与自己坚持查处申惠鹏“学术腐败”一事直接相关。
由于邓飞是副厅级干部，记者就此向贵州省委组织部求证。
6月12日，贵州省委组织部向中国青年报记者作出书面答复：“2008年11月14日,贵州省委常委会议研究决定邓飞同志任遵义医学院副院长，免去其遵义医药高等专科学校校长职务。对邓飞同志的轮岗，是根据工作需要，并考虑到本人的特长进行的平级交流，属正常的干部调整，与申惠鹏一事无关联。遵义医专校长的配备问题，按照《干部任用条例》的规定，其人选正在推荐、考察之中。”
其实，在“职称门”之前，上级部门就已接到邓飞的反映，其与学校党委书记范富华因工作理念不合，多次发生冲突。
邓飞认为，二人矛盾的根本原因，在于对《高等教育法》规定的“党委领导下的校长负责制”理解不同，对现代医学大专院校教学、科研和临床一整套规范化运作的规章制度和运作机制认识不一致。
邓飞说：“党委领导下的校长负责制，应该是党委领导正确的办学方向，使高校始终处于党的领导之下；校长负责，就是在党委的指导思想下，由校长去履行行政的职责。”
他认为，遵义医专的现实是，“校党委直接越过行政，去插手一些事”，导致学校行政形同虚设，他的许多想法无法实现。
2006年，遵义医专由原遵义市卫生学校和原遵义市中医学校合并升格为大专后，范富华由遵义市市委党校常务副校长调任医专党委书记，邓飞由遵义医学院科研处处长调任医专校长。
范富华曾在县乡工作多年，而邓飞则在取得医学博士学位后留学德国。不同的工作经历和工作背景，让二人在合作之初就在学校基础设施建设、人事任免方面产生了较大分歧。
最大的冲突在于办学思维和理念的不同。邓飞想大力提升科研氛围，范富华则认为，鼓励科研可能会导致一些教师无心教学。
邓飞说，校级领导中，除了他和副校长潘年松拥有医学博士学位外，没有一个医学院校本科毕业生，学校的科研、教学层次急需上一个台阶。
他认为，学校缺乏现代大专院校办学的思维模式、办学理念和办学定位；教师和管理人员的整体素质有待提高；缺乏全校范围内的学术气氛、良好的学风和教风；基础设施薄弱，专业教师匮乏。
在邓飞的主持下，遵义医专成立了校学术委员会，创建了法医司法鉴定所和病理会诊中心。教师被大力鼓励申报课题，从事科研。
但校党委对此并不支持。邓飞说，到2008年10月，遵义医专共召开校长办公会11次，其中9次形成的会议决定没能得到实施。
范富华说，校党委之所以把校长的决定“压了几个月”，是因为“他想以本科院校的模式来管理新生的专科学校”。
“到了新学校不是抓教学、管理，而是搞科研，把他在遵义医学院搞的一套完整的鼓励科研方案移植过来，强行推行。”范富华说。
这个方案的内容包括，教师在《Science》、《Nature》等国际学术期刊上发表论文，学校奖励20万元，在核心期刊发表论文奖励3000元。
副校长申惠鹏说：“邓飞还主办了一次‘国际学术会议’，学校花了几十万，请了一个‘国际友人’，老师们意见很大。”
“现在学校经费困难，不能因为某项政策偏颇而刺激一些教职工。”申惠鹏说。
“邓飞想用大量经费来吸引和鼓励教师们做科研。但我们考虑，一是刚升大专，精力、实力有限，科研项目让一些老师望而生畏；二是老师们都埋头做科研不搞教学了，教书的积极性会受到打击。”范富华说。
申惠鹏说，邓飞建立的两个科研中心占用了学生的实训室，导致学生实训、实习只能尽量往校外安排。“专科学校的科研工作跟本科肯定不一样。我们要培养的是面向社区、农村基层的服务型、技能型人才。连实训室都被占了，是办学定位和宗旨出现了偏差。”
尽管两位校领导都向记者强调“教学第一位”，一些教师还是抱怨学校“教师地位低下”、“人心很不稳”。
“教学上基本上是在中专时期原地踏步，老师还用着上世纪六七十年代的老设备、仪器、教具，还在吃粉笔灰。刚招进来的硕士只有几百元钱的月工资，许诺的房子、安家费都无法兑现。一些教师待不下去，已经调走了。”
与此同时，“大家争着做行政”。“行政工作轻松，早上可以把菜买完再过来上班，坐在那里抽抽烟上上网就过一天，而我们教师不能迟到早退，不仅辛苦，而且津贴比行政人员低了一大截。”
多名教师告诉记者，有校级领导在公开场合发言说，“博士生不如硕士生，硕士生不如本科生，本科生不如大专生”。他们对这种贬低知识的倾向感到担忧。
“对将来学校的发展方向，我们心中不是很明了。”这些教师说。