马俊如认为，第一，大学和科研院所主要任务是进行先进的科学储备，包括提供技术创新的储备；第二，大学和科研院所主要是输出人才和先进的创新理念；第三，科研以企业为主体后，科研院所和大学应按需求来帮助企业，“不应是指手画脚，而应是按照企业的需求，听从企业的指挥”。

    根据世界经济论坛2005年的创新经济竞争力排行榜，芬兰排第一位，美国排第二位，北欧的国家在前10名当中占5个席位，而中国仅仅排在第49位。统计表明，中国现在有大专学历的技术人员4571万人，这些人中从事科技活动的人员有322.2万人，约占1／10，其中科学家与工程师有81万人。

    “我国的人才总量居世界第二位，而在高技术产业里面，我国人才的水平是很高的，这说明排名靠后并不是因为缺乏人才。”马俊如分析说，“只有企业的创新活动才能使科研成果走向市场，但在我国，这是创新体系中最薄弱的环节”。

    马俊如呼吁，技术创新体系的建设应该是以企业为主体，“创新是一个体系，各个环节既有整体性，又有独立性”。企业要实现自主创新，关键是在产、学、研三者的结合上。他认为，企业的技术创新也有三种主要形式：第一种，是企业自己的创新，也就是提出创新需求，组织自身的力量在企业内部开展创新；第二种，是参与产、学、研结合的国家科技计划或与民间机构共同搞技术研发；第三种，是企业没有能力来做研发，资助科研院所和大学，委托他们结合企业需求搞特定科研项目的研究。

    “强调企业技术创新，不要以削弱科研院所和大学研究机构创新活力为前提，因为它们也要发展。”马俊如建议，科研院所和大学研究机构应明确科研创新活动的方向和重点，应该参照世界发达国家的成功经验来调整自己。