我国现行的科技成果鉴定制度，在相当长的时期内一直备受质疑。这种质疑，不仅来自于对科技繁荣抱有很大期望的社会，也来自于在利益上与之密切相关的企事业单位。而更多的，则是来自科学共同体内的自我反思与自我检讨，科技人员焦五一的遭遇就是一例。

    中国人民大学教授顾海兵认为，抛开焦五一事件本身不谈，科技成果鉴定本身就存在问题。在计划经济体制下建立的这一制度，科研和技术开发计划均由政府下达，经费由政府拨付，研究结果归政府所有，由政府负责推广，所以政府必须管理和参加科技成果的“评审”工作。“没有政府相关机构的认证，即使是一项很好的科技成果，也难以得到相应的授权和推广”。

    顾海兵认为，在现行的科学评价机制中，即使学术委员会的成员均能做到公平公正，但由于学术委员会要评审几乎所有学科的成果，而选自每个学科的委员人数又非常有限，只有少数委员在具体的评审过程中有发言权，这样的评审过程很容易被少数人控制，成为某些人获取不当利益或瓜分学术研究资源的途径。

    对于绝大多数应用技术成果来说，得到市场承认的项目才是有意义的、高质量的，引入市场竞争才能真正促进这类科技项目研究水平的提高。顾海兵建议，应逐步乃至最终取消科技成果鉴定制度，以更有效的专利版权制度等来取替它。

    专门研究科技政策与科技管理的华中科技大学公共管理学院教授钟书华也认为，应逐渐淡化组织性评价，强调引用评价和用户评价。

    他说，现在科学共同体内对同行评价机制反映强烈，尤其是公正客观问题。这是因为，在评审过程中，评委很容易受到主观因素的干扰。有些评委，在项目未评审之前，就已经预设了目的和立场。而有些评委，也是带着某些单位、某些部门的利益来参与评审的，这样的评审不可能产生公平公正的结果。

    钟书华认为，即使评委没有预设立场，但在无意识间也有可能受到干扰和影响。比如，将知名教授与刚毕业的博士放到一起评审，知名大学与地方学院放到一起评审，虽非有意，但评委很有可能出现倾向性。

    “科技成果鉴定并非评价科技项目唯一可行的方式，也不是最有效的方式，因为这本身就带有很强的目的性、人为性和强制性。”钟书华说，一个真正的科技成果，必然会因为被大量引用而得到学术界的广泛认同；一项有前景的技术成就，也必然会受到市场的欢迎和接纳。来自学界和市场的评价，只会使科技成果更加科学合理，理论价值和市场效益也能得到更充分的评价。