个别单位存在贪污、挪用医保基金。石嘴山市医保中心自2000年以来，会计资料管理混乱，账簿不全，部分凭证缺失，该中心主任和财务科长于2004年5月至2005年6月期间，采取截留未到期银行承兑汇票的手法，将某企业交缴的19张、面值3233.56万元医疗保险费转移到其亲属、朋友名下。2004年10月和2005年6月，石嘴山市医保中心与某县医药药材公司编造两份内容虚假的抹账协议，分8次将250万元医保基金转给该县医药药材公司。

    挤占社会保险基金问题比较突出。比如，吴忠市将100万元医疗保险基金用于实施公费医疗制度时的遗留欠账。中卫市从医疗保险基金中支付107.8万元，用于非医疗保险项目。

    社会保险基金管理不够规范。表现在：一是个别行业统筹的养老保险基金未按规定实行专户管理。如，自治区农垦局养老保险基金统筹办未设置财政专户，2005年末有14715.51万元的养老保险基金未按规定进行财政专户管理。二是社会保险基金未按规定及时缴存财政专户。如，2004年11月至2006年7月，吴忠市社保局违规在中行、建行、农村信用社先后开设5个临时一般结算户征收、归集养老保险基金，截至2005年末，结存1268万元未缴存财政专户。三是一些社保经办机构内部控制制度不健全且执行不到位，存在不按规定设置账簿、票据管理不规范、私存私放公款等问题。