审计发现，16省（市）在100条（段）公路上违规设置收费站158个，截至2005年年底违规收取通行费149亿元；7省（市）提高收费标准，多征收通行费82亿多元；12省（市）的35条经营性公路，由于批准收费期限过长，获取的通行费收入高出投资成本数倍乃至10倍以上，成为“高价公路”，增加了社会负担。

    审计还发现一些地方过度依赖贷款建设收费公路，债务负担偏重。“十五”期间，除北京和上海外，16省（市）新增的二级以上公路，有67％为收费公路，其投资中，银行贷款等债务性资金占较高比例。

    部分收费公路经营权转让不规范，造成国有资产重大损失，一些项目招投标流于形式。如安徽省于2003年以邀请招标的方式，违规压低评估价格，将合肥—巢湖—芜湖高速公路的经营权转让给上海一民营企业，2005年年底又高价回购，一出一进，损失资金12.4亿元。这次审计调查共发现涉嫌违法犯罪案件线索13起，已移送有关部门查处。