当地时间11月29日，在辞去陆军参谋长一职后，穆沙拉夫在巴基斯坦首都伊斯兰堡以平民身份就任新一届总统，开始又一个5年任期。
巴基斯坦最高法院首席大法官多加尔为穆沙拉夫主持新一届总统宣誓就职仪式。穆沙拉夫发誓将竭尽所能，保卫国家。
在就职讲话中，穆沙拉夫对出席就职仪式的政府官员、军队将领和外国驻巴使节说：“我相信有我作为文职总统，巴基斯坦将更加强大。这是巴基斯坦向完全民主过渡的里程碑。无论如何，议会选举将于1月举行。”
巴基斯坦反对党领导人谢里夫和贝·布托均未出席穆沙拉夫的就职典礼。穆沙拉夫则向他们伸出橄榄枝，欢迎两人结束流亡生涯归国，认为这有利于巴基斯坦各政治派别之间的和解。
今年10月6日，穆沙拉夫在总统选举中大获全胜，但反对党派以身兼军职不得参加总统竞选为由向最高法院提出上诉，导致选举结果迟迟不能正式公布。
11月3日，穆沙拉夫下令实施紧急状态，撤换最高法院首席大法官。巴最高法院终于在23日裁决穆沙拉夫参选合法。28日，穆沙拉夫眼含热泪，脱下军装，告别了40余年的军旅生涯。美国赞扬这是一个“良好的开端”，同时敦促他解除紧急状态。巴前总理贝·布托也欢迎穆沙拉夫脱下军装，但表示她的政党不会匆忙决定是否接受穆沙拉夫为国家元首。
巴基斯坦前总理、穆斯林联盟（谢里夫派）领袖谢里夫则毫不客气地拒绝承认穆沙拉夫为总统，认为他宣誓就职毫无合法性。谢里夫政权正是被穆沙拉夫在1999年推翻的。谢里夫25日刚刚结束7年多的流亡生涯，飞抵巴东部城市拉合尔，他准备参加明年1月大选，向穆沙拉夫发起新的挑战。
