上台一年，马英九带给台军四大变化
由攻转守，积极调整作战思想
作战思想决定了一支军队建设的方向。陈水扁“先制反制”的作战思想曾把台军带到了一个十分危险的境地。马英九上台不久就积极调整作战思想。2008年8月26日,他在接受墨西哥太阳报系集团董事长瓦斯盖兹的专访时说：“我们不会采取攻势的作为，战略上一定是采取守势。”同时声称，大陆是威胁，也是机会，台湾要把威胁极小化、机会极大化。2008年10月21日,马英九正式向台湾军方提出“守势防御”的战略主张，同时宣称“未来四年，两岸之间不会有战争”。
台湾军方很快就把马英九的这一思想贯彻到军演和武器建设上。
在2008年9月22日至26日举行的“汉光”兵棋推演中，台军不再强调主动的攻势作战，放弃了经常演练的战力保存、海空截击和三军联合作战，把重点放在“台湾本岛的防卫”。汉光军演是台军规模最大，也是最受关注的例行军演，它承载了台军的基本作战思想。此次军演内容的攻守变化折射出了台军作战思想的基本变化，就是不再强调所谓的“先制反制”和“决战境外”，而是转变为防守型的作战策略。
在武器装备上，台军不再研发具有明显进攻特点的远程打击兵器。2008年11月1日，台军方发言人表示，台军研发武器系统均按“防卫固守”的政策指导，发展“领土防卫”类型的防卫性武器，且不攻击非军事目标。同时宣布，自行研制的雄二E巡弋飞弹，“不再精进射程，而是力求性能稳定，并开始正式量产”。也就是说，台湾不会发展射程超过一千公里的导弹。它释放出这样一个信号，就是台军基本放弃了先制反制的作战思想。
希望止战，努力加强军备建设
马英九上台后，释放出了诸多和平的善意，两岸关系也随之和缓。但是台军军备建设并不是随之放松，而是有所加强。
2008年9月10日，马英九向台军官兵讲话时声称，新当局推动优化两岸关系，但绝不会在“国防”建军备战上有任何松懈，这样和对岸如果有一天要协商和平协议时，才有足够的筹码；如果“国军”不堪一击，这种协商是没有用的，等于是投降，绝对不可以有任何松懈。他表示，当局一方面有谋和决心，同样的也有备战准备，“我们的目的是希望止战，我们不求战，但绝对不惧战，这样才能真正获致和平，这是千百年来许多历史的教训告诉我们的。”从马英九的一系列讲话中，我们不难看出，释放善意并不等于放松军备建设。
但马英九十分清楚，台军自身军备建设能力十分有限，要想提高台军硬实力，就只有通过推动美台军售，获得先进装备，以此来提升台军的整体战力。由于在陈水扁当政期间，台湾当局一意孤行，美台军售一度冻结。马英九上台后，通过不断努力，2008年10月3日，美国启动了对台总额超过64亿美元的军售程序。此次军售，金额巨大，武器品种多、数量大，使台军军备建设水平有所提高。
尽管美台启动了大额的军售程序，但是台湾当局并没有因此而满足，他们依旧在努力推动新的军售，以求进一步加强军备建设能力。2009年2月24日，美国海军和洛克希德·马丁公司达成协议，将向台湾出售总价值13亿美元的12架翻新的P－3C反潜机。虽然是美军用过的二手货，但是对于台湾来说，这将使其反潜能力得到跃升。
看重质量，提高军队建设标准
随着军事技术的发展，军队建设以数量弥补质量的时代已经一去不返了。马英九对此更是心知肚明，特别是在世界经济危机的影响下，台湾的经济承受能力十分有限。于是削减数量、提高质量就成了台军建设的首要选择。
削减兵员数量，提高兵员质量，是马英九上台后台军进行的一项重大改革。2008年9月23日，台湾军方的全募兵制方案出炉。根据这个方案，5年后台军要建立总员额在20万人以下的“小而美”、“小而强”的职业化军队，全面实行募兵制。和征兵制相比，募兵制士兵由于其服役时间长，训练水平较高，更适合现代化战争对作战技能的要求，台军战斗力将得到进一步提升。
在军演上，台军也更注重效果。2009年2月10日,台湾军方公布了2009年至2010年度重大军事演习规划。其中最受瞩目的“汉光军演”，将从原先的每年一次改为两年一次，这在该演习实施24年来尚属首次。对此，台湾“国防部作战及计划次长室”助理次长李岳章少将的发言就道出了其中的原委，他说，历年“汉光军演”中都发现许多问题，在它们还未解决前就安排下次演习，的确值得商榷。他强调，为提高军演质量，今年6月将先就演习科目进行计算机模拟，9月再实施图上推演；待各部队完全熟悉演习计划后，再于明年合适时候展开实兵操练。台军此种作法，可谓一举两得，既照顾到了军演的质量，同时又产生了一定的政治影响，绝不是单纯地削减演习数量这么简单。
此外，提高体能标准是台军加强质量建设的又一举措。据媒体报道，马英九在“双十节”庆祝仪式上，目睹军队仪仗队的成员由于体力不支晕倒在地，因此要求“国防部”加强军人的体能训练。最近台军出台了一套体能标准，这套标准据称达到了亚洲最严的水平。而马英九对新制定的体能标准还是不满意，认为“太弱，还要再精进”。
提振士气，重塑精神战力
士气是影响一支军队战斗力的重要因素。陈水扁当政8年，极力灌输“台独”思想，军中贪腐盛行，风气日下，致使士气低迷，信仰迷失，这已经成为台军建设的顽疾。马英九深知，台军建设的当务之急是要通过一系列举措来提振士气，重塑其精神战力。
2008年6月16日，在台湾“陆军军官学校”（前身即成立于1924年的黄埔军校）建校84周年纪念大会上，马英九大讲黄埔精神。而后，马英九还亲自带领现场2300余人高唱黄埔校歌，不少黄埔老将随着音乐潸然泪下。在陈水扁当政期间，由于受到当局的干扰，黄埔校歌已经无奈停唱。马英九此次重唱黄埔校歌，大提黄埔精神，无疑是凝聚军心、提振士气的重要举措。
此外，台军还通过高层倡导精神战力周训练和相关政治教育等方式，强化“军人武德”，进而树立“守岛保家”的政治信念。2008年7月2日，台军军方发言人池玉兰宣布，从7月10日起，恢复于2003年废止的军人读训。同时声称，军人读训的目的是“砥砺武德，陶冶人格修养”。当天，在台军三军五校联合毕业典礼上，马英九首次以“三军统帅”的身份领读了军人读训。
近日，台军中连爆卖官丑闻。军中贪腐不仅使台军形象受损，也严重地影响了台军的士气。为显示肃贪决心，2009年4月8日,马英九亲自召开了记者会，他说，对于最近陆续爆出的军中将领涉嫌贪渎案件，他已经要求司法及行政部门积极查办，速审速决，并限期3个月内提出重大弊案检讨报告以及制度上的改进方案。
在马英九对军中贪腐案的一系列讲话中，人们清晰地看到，他十分强调改进制度。这是根治台军贪腐问题的关键。同时，马英九要求彻查军中贪腐行为，也可谓用心良苦。他期望通过此次“脱皮”式的肃贪行为，使台军能够有一个“脱胎换骨”的改变，并因此重拾信心，进而全面提升士气，达到增强精神战力的目的。