改革现行医疗事故鉴定制度
秦希燕认为，现行的由医学会专家、学者对医院的诊疗行为进行鉴定，以确认是否构成医疗事故的制度存在重大缺陷。“具体表现在鉴定过程缺乏有效监控，难以保证鉴定结论公正”。
他表示，医学会不适宜继续负责医疗事故鉴定。“医学会鉴定人员与当事医方有着千丝万缕的关系，诊疗行为被鉴定为医疗事故的比率极低，现有医疗事故鉴定体制已产生严重的信任危机”。秦希燕说，在现行医疗事故鉴定体制下，参与鉴定的专家、学者一般均为各大医疗机构的专业医生，他们都是鉴定专家库中的备选人员。
在此情形下，即使在当事医院工作的备选人员已回避，但各大医院的学者、专家经常在一起参加研讨会、进行交流，有些可能还是师生、学友，都属于同一利益群体。“如果今天我将你的医疗行为鉴定为事故，明天可能就是我的医疗行为在你手中进行鉴定。如此一来，为保全我的名声和利益，在今天，我就不会认定你的医疗行为是事故。”
秦希燕认为，这样的鉴定无法保证客观公正，更无法保障处于弱势地位的患者的合法权益，导致社会上众多明显属于医方过错或过失的事件都未被认定为医疗事故，也极少有被认定为医疗事故的情形，“现有医疗事故鉴定机制，已经让患者和社会彻底失去了信心”。
更麻烦的是，医学会的鉴定结论是法院判案的唯一依据。如此一来，即使医院存在医疗过错或有违反常规的行为，但如果医学会认为不会产生后果，不构成医疗事故，患者仍然不会得到赔偿。而法官作为非医学专业人士，也不会冒着判错案的风险，判决由医院承担赔偿责任，“法官们也无可奈何”。
何况还有另外一种情形，在实践中，经常出现当事人或法院委托司法鉴定机构进行鉴定的情况。在此情形下，法院也一般更愿意采信司法鉴定机构的结论，而忽视医学会的结论，这就导致了鉴定制度的混乱。
秦希燕说，要解决这些问题，应在人民法院内部设立医学司法鉴定机构。但为了节约资源，只在全国中级、高级和最高人民法院设立。而且，法院的医学司法鉴定机构只隶属于法院，接受法院的领导和管理，经费由政府财政支出，鉴定收入纳入财政，这样才能保证独立性。
鉴定人员则从法院组建的鉴定团队中随机选取，鉴定团队来自全国各地的医学、法医学专家和教授，原则上外省专家、教授优先考虑，向法院负责并接受法院监督。
他认为，为防止当事人随意选择法院的医学司法鉴定机构，应设立地域管辖范围的限制，并确立跨区域鉴定制度和再次鉴定制度。“我深信法院的医学司法鉴定机构进行职业病鉴定、法医病理和临床鉴定，将会在很大程度上避免张海超‘开胸验肺’的悲剧重复发生。”