我国建设创新型国家的一个主要瓶颈问题是，“以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系”还没有很好形成。对此，建议：一要进一步提高企业是技术创新主体的认识；二要增强企业成为技术创新主体的政策导向，大力引导和鼓励企业增加创新投入，认真落实和执行《关于促进科技成果转化的若干规定》，积极探索社会主义市场经济条件下产学研合作的模式，切实使技术创新成为企业寻求发展机会的第一选择；三要充分发挥软件的核心和带动作用，形成后发优势。

    我国目前没有建立起完整的现代工业体系，一些核心技术仍然依赖进口，还没有摆脱受制于人的被动局面。对此，建议：一要提高建立完整现代工业体系的思想意识和紧迫感；二要研究制定和执行突破核心技术受制于人的具体政策措施，增加对消化、吸收和再创新环节的必要投入，增加对自主创新产品的政策环境支持，加大、加快、加强国家科技重大专项的实施。

    当前科技管理尤其是经费管理体制需要做重大改革。可以适当借鉴国外创新型国家的成功经验，对经费管理体制进行大胆改革。这里提出几个需要认真研究的问题：一是是否一定要通过申报项目获得支持，二是科研项目是否可以发人员工资，三是是否预算要细到“每一张纸”，四是预算能否不“一刀切”。